En La Habana de 1994, Rosa Elena —de cuarenta años, asistente de enfermería, a cargo de su padre enfermo y recién casada con Ernesto, ingeniero jefe de una Brigada Constructora— inconforme con la vida que está llevando, retorna a cantar en el coro masculino donde trabajaba antes de conocer a su marido. Al revelarse un secreto de este pasado, ambos quedan expuestos a la violencia estructural del contexto hegemónico, machista y patriarcal en el que viven.
La memoria del agua es la historia de amor de una joven pareja que tras la muerte de su hijo lucha por mantener su relación. Este inmenso dolor los ha fracturado como pareja y, a pesar de lo mucho que se quieren, no pueden sobreponerse a la inmensa pérdida. Asistimos a la sutil construcción de sus nuevas vidas y observamos sus movimientos por olvidar lo que fueron como pareja. Pero la posibilidad de un nuevo reencuentro aparece y ellos saben que esa decisión podrá cambiar el sentido de sus vidas para siempre.
El film está inspirado en un cuento homónimo de temática gay del escritor cubano Miguel Barnet, que recibió el premio latinoamericano y del Caribe Juan Rulfo, otorgado por Radio Francia Internacional (RFI) desde 1982 y coorganizado por el Instituto Cervantes de París y la Casa de América Latina, entre otras entidades culturales.
